تمكن وضاح خنفر من أن يمسك بدفة أهم محطة فضائية عربية باقتدار مثير للجدل، حيث سار بها في مرحلة كثر فيها المنافسون، ومع ذلك لم تتراجع مكانة القناة المتقدمة بل تعززت مع تأسيس شبكة الجزيرة الفضائية التي أصبح خنفر مديراً عاماً لها، ولمجموعة القنوات المتخصصة وهي: الجزيرة الإخبارية، والجزيرة الإنجليزية، والوثائقية، والجزيرة مباشر، ومجموعة القنوات الرياضية، إضافة لموقع الجزيرة على الانترنت باللغتين العربية والإنجليزية، والذي يعتبر الموقع الإخباري الأول عربياً.

وكان خنفر قد كلف بمنصب مدير عام قناة الجزيرة عام 2003. وكان قد برز سابقاً كمراسل انشط لقناة الجزيرة خصوصاً في حربي أفغانستان والعراق حيث امتاز بجرأته وبحيويته ونقله للأحداث الساخنة لحظة وقوعها، وكلف من الجزيرة بإدارة مكتبها في العراق بعد أن قصف، وتمكن من تفعيله وإعادة الحياة له قبل أن يتقدم في نقلة واحدة رأساً إلى منصب مدير عام الجزيرة.